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Showing content from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/doxyhtml/classCSparseIterator.html below:

NCBI C++ ToolKit: CSparseIterator Class Reference

Search Toolkit Book for CSparseIterator

CSparseIterator - IAlnSegmentIterator implementation for CAlnMap::CAlnChunkVec. More...

#include <gui/objutils/sparse_iterator.hpp>

◆ TAlignColl ◆ TAlignRange ◆ TSignedRange ◆ CSparseIterator() [1/4] CSparseIterator::CSparseIterator ( ) ◆ CSparseIterator() [2/4] ◆ CSparseIterator() [3/4] ◆ CSparseIterator() [4/4] ◆ ~CSparseIterator() CSparseIterator::~CSparseIterator ( ) virtual ◆ Clone() ◆ operator bool() CSparseIterator::operator bool ( ) const virtual ◆ operator!=() ◆ operator*() ◆ operator++() ◆ operator->() ◆ operator==() ◆ x_Equals() ◆ x_InitIterator() void CSparseIterator::x_InitIterator ( ) protected

Definition at line 83 of file sparse_iterator.cpp.

References _ASSERT, CAlignRangeCollection< TAlnRange >::begin(), IAlnSegmentIterator::eAllSegments, IAlnSegmentIterator::eInsertsOnly, CAlignRangeCollection< TAlnRange >::end(), IAlnSegmentIterator::eSkipGaps, IAlnSegmentIterator::eSkipInserts, CAlignRangeCollection< TAlnRange >::find_2(), m_Clip, m_Coll, CSparseIterator::SClip::m_First_It, m_Flag, CSparseIterator::SClip::m_From, m_It_1, m_It_2, CSparseIterator::SClip::m_Last_It_1, CSparseIterator::SClip::m_Last_It_2, CSparseIterator::SClip::m_ToOpen, x_InitSegment(), and x_IsInsert().

Referenced by CSparseIterator().

◆ x_InitSegment() void CSparseIterator::x_InitSegment ( ) inlineprotected

CSparseIterator.

Definition at line 43 of file sparse_iterator.cpp.

References IAlnSegment::fAligned, IAlnSegment::fGap, IAlnSegment::fInvalid, IAlnSegment::fReversed, CSparseSegment::Init(), m_Clip, CSparseIterator::SClip::m_First_It, CSparseIterator::SClip::m_From, m_It_1, m_It_2, CSparseIterator::SClip::m_Last_It_1, m_Segment, CSparseIterator::SClip::m_ToOpen, and r().

Referenced by CSparseIterator(), operator++(), and x_InitIterator().

◆ x_IsInsert() bool CSparseIterator::x_IsInsert ( ) const inlineprotected ◆ m_Clip SClip* CSparseIterator::m_Clip protected ◆ m_Coll ◆ m_Flag EFlags CSparseIterator::m_Flag protected ◆ m_It_1 ◆ m_It_2 ◆ m_Segment

The documentation for this class was generated from the following files:

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